homolog load 2igd_1hz5.align 1hz5.pdb &
  chain A &
  native 2igd.pdb &
  tail aligned &
  ssgaps yes &
  g2x yes &
  conserve yes &
  initfile 2igd_homo.init &
  gapfile 2igd_homo.gap &
  insertfile 2igd_homo.insert &
  sidefile 2igd_homo.side &
  finalfile 2igd_homo.rmsd
structure write 2igd_homo.pdb